大戦終結から2年…

世界を破壊と混乱の淵に叩き込んだモーデン元帥のクーデターは、正規軍の反攻作戦によりすんでの所で鎮圧された。作戦成功の立役者、マルコとターマは昇進。自分たちがもたらした平和を満喫しつつ、特殊部隊ペルグリン・ファルコンズの再生に尽力していた。

そんなある日、マルコとターマは正規軍の参謀本部に召喚を受けた。モーデン一党の動きが最近活発化しているらしい。モーデン反逆軍の勢力はすでに根絶されていたが、正規軍上層部や各国政府の腐敗ぶりを唱えたモーデン元帥の主張には同調者が意外に多く、小規模な反抗反乱の類は散発的ながら絶えることがなかった。ところが、最近の反乱は組織化され、ますます計画的になってきている。全世界の情報を総合的に分析した結果、それら各地の反乱は、ある大規模な作戦計画の存在を明確に差し示していた。そのような大作戦を立案実行指揮できる人間はただ一人。

　 デビルリバース・モーデン元帥。

2年の歳月をもってしても、モーデンの影を消し去ることはできなかったのか。しかし、いかにモーデンと言えどもこんな短期間で二度目のクーデターを準備することなどできはしない。果たしてモーデンは生きているのか。
生きているとすれば、どのような手段で、いつクーデターを開始するのか。
そして、こんな短期間でクーデターの準備を可能にした秘密は…？
マルコとターマには、反逆軍に機先を制して、第二次クーデターの勃発を未然に防ぐという秘密任務が与えられた。反逆軍の作戦を少人数の精鋭部隊で次々と奇襲鎮圧し、全て叩きつぶしてしまおうという過酷な作戦だ。当然最高度の機密性が要求される。モーデン派には情報が漏れないように、彼らの上司ですら全貌を知らされることはない。そして何よりも、未だモーデンの影におびえる世界の人々を刺激しないように…。

前大戦以上に過酷と言える任務だが、彼らは即座に承知した。モーデンが生きているなら、今度こそ息の根を止めてやる。意気込む二人であったが、この任務には意外な付帯条件がついていた。

情報局所属の特殊工作部隊、スパローズと共同作戦を行うこと。
ＰＦ部隊だけで片を付けるつもりでいた二人は反対したが、参謀本部は聞き入れてくれなかった。実戦部隊に対抗意識を燃やす情報局の意向や、上層部の対立などが複雑に絡み合った結果なのだが、マルコたちには分かるはずもない。結局うやむやのまま、将軍たちに押し切られてしまうのであった。

作戦当日。スパローズから二人の兵士がやってきた。エリとフィオ。若い女性だ。

「エリ・カサモト軍曹だ。エリでいいよ。」
「あの、えっと、前大戦の英雄お二人にお会いできて光栄です。スパローズのフィオリーナ・ジェルミ一等軍曹です。こんな大規模な作戦は初めてですが、わたしは大丈夫です。がんばります。よろしくお願いします。」
「おいおいマルコ、こんなお嬢さんたちと一緒にドンパチやらかすのかよ。」
「今さら何を言っている。時間だ。作戦開始！」

こうして、クーデター鎮圧作戦は発動された。マルコたちは第二次クーデターを未然に防ぐことができるのか。本当にモーデンは生きているのか。そして、反逆軍の恐るべき秘密とは。
今度も戦争だ！